EMSA（電泳遷移率變動測定）用于研究蛋白質(zhì)：DNA 復合物和相互作用。蛋白質(zhì)：DNA 復合物在非變性凝膠上比未結(jié)合的線性 DNA 遷移得更慢，從而導致“移位"。

EMSA 也稱為“凝膠位移"或“凝膠阻滯"測定，可用于分析蛋白質(zhì)對核酸的序列特異性識別。

圖 1. EMSA/凝膠位移測定圖。當添加摩爾過量的未標記競爭DNA時，遷移率變化會大大降低。熒光標記的 IRDye 700 寡核苷酸探針用于檢測。 IRDye 700 寡核苷酸在兩條鏈上均進行末端標記。

近紅外熒光的優(yōu)點

近紅外熒光 EMSA 為放射性 EMSA 技術提供了安全、靈敏的替代方案。

您可以輕松地將傳統(tǒng)的放射性 EMSA 協(xié)議應用于無害的近紅外熒光 EMSA 檢測。使用 IRDye ®末端標記的寡核苷酸并使用 Odyssey ® CLx 紅外成像儀或 Odyssey 經(jīng)典紅外成像儀進行成像。使用近紅外熒光，您可以在不到 2 小時內(nèi)進行測定并獲得結(jié)果，而使用其他方法則需要幾個小時或過夜。

使用近紅外熒光技術的 EMSA 用于研究：

• 轉(zhuǎn)錄調(diào)控

• DNA復制

• DNA修復

• RNA加工

圖 2.EMSA/凝膠位移測定。 IRDye 700 EMSA 使用共有寡核苷酸針對 3 個不同的轉(zhuǎn)錄因子靶點進行測試。箭頭表示移動性轉(zhuǎn)變的位置。

您可以檢測濕凝膠中的蛋白質(zhì)：DNA 復合物，無需凝膠干燥或膠片曝光。如果需要，您可以在 Odyssey 掃描儀表面上對盒中的凝膠進行成像，以評估凝膠是否運行了足夠長的時間，如果沒有，請將其放回腔室中以進一步進行電泳。

即用型標記寡核苷酸 可用于各種常見的共有序列。其他 IRDye 末端標記寡核苷酸和定制寡核苷酸可通過Integrated DNA Technologies (IDT)、TriLink BioTechnologies或Metabion International AG 獲得。

圖 3. 使用 IRDye 700 AP-1 寡核苷酸雙鏈體的 AP-1 EMSA。用血清處理的 HeLa 細胞的核提取物用于觀察血清刺激后 AP-1 結(jié)合增加的情況。競爭反應含有 100 倍摩爾過量的未標記寡聚雙鏈體。箭頭表示熒光寡核苷酸的遷移率變化。星號表示由于過量未標記的競爭對手 DNA 引起的遷移率變化的減少。使用 Odyssey Classic 紅外成像儀對濕凝膠進行成像。

紅外熒光EMSA與其他方法的比較

比較 EMSA 檢測方法，了解如何使用紅外檢測提高安全性并節(jié)省時間。

典型 EMSA 工作流程

準備反應并孵育20-30日分鐘

通過非變性電泳分離

使用 Odyssey Imager 進行圖像凝膠并分析

*如果需要，請重復步驟 3 并再次成像。